堺は古くから海上交通の要衝でした。特に文明元年（1469年）に中国から帰った遣明船が入港して以来、日明貿易の根拠地となり、堺商人は強い経済力を持ち、やがて自治都市を形成します。
蓮如上人は遣明船が帰港した翌年、文明2年6月に堺南庄の紺屋道場円淨に寿像（蓮如上人の肖像）を授けられ、同年10月には堺北庄の山口中町の樫木屋道場道顕に親鸞聖人御絵伝を、さらに文明8年（1476年）には同じく道顕に対して開基道祐の影像を、それぞれ免許されました。

上人は文明7年秋に越前吉崎から畿内に帰られて伝道されますが、堺の重要性に着目し、道顕のすすめにより、翌文明8年に御坊を営み信證院と称しました。
文明11年（1479年）堺の坊舎は、前年から造営にとりかかった山科本願寺に移築されました。山科の御影堂は文明12年、阿弥陀堂は文明14年にそれぞれ落慶しました。
その後、堺の坊舎は再建されましたが、その年次は不明です。明応3年（1494年）上人は堺御坊の本尊に紺地金泥の九字名号（南無不可思議光如来）を定められました。
上人は堺御坊にしばしばおもむかれますが、御坊におけるご教化について、つぎのような事柄が伝えられています。
上人は、堺御坊の御堂の卓上に御文章を置かれ、参詣人があると、必ず読ませられました。上人は「参詣人はたとえ一人であっても、御文章を読みきかせたならば、ご縁のある人は、信をとるであろう」と申されました。

またある時は、夜ふけて蝋燭をともして、お名号を書かれました。ご老体ゆえに、御手もふるえ、御目もかすみ、ご苦労されながら筆をとられました。翌日越中へ行く人に託すためでした。これも、ただ信をとらせたいとのおぼしめしからでした。
あるとき、中国大陸北部の契丹人が4,5人つれだって上人を訪ねてきました。それは、ひとり子を死なせ、嘆き悲しみ、蓮如上人の名声をきいて、来日したのでした。上人のご勧化によって、阿弥陀仏の本願のありがたさを知り、上人から六字名号を頂戴して帰国したといいます。
蓮如上人のご往生ののち、堺御坊は御子の実賢、上人の内室蓮能尼がそれぞれ継がれました。その後、戦乱によって衰退しました。
本願寺第十二代准如上人の時に本堂を再興し、本尊を新造し安置しました。旧本尊は江戸の別院浅草御堂に移されていたためです。第十五代住如上人の享保13年（1728年）に本堂を重修しました。第十七代法如上人の安永7年（1778年）蓮如上人廟所と拝堂を造営しました。寛政10年（1798年）の火災で本堂・広間・台所が焼失し、第十九代本如上人の文政8年（1825年）に再興し、今日に至っています。

本願寺堺別院旧会館は昭和39年、宗祖親鸞聖人700回大遠忌記念事業として建立されました。しかし以後40年の星霜は甍を損なわない壁を傷め、また設備の老朽化が著しく、そこで、新たなる時代に向かって別院の更なる発展を期し、平成11年(1999年)に勤修された蓮如上人500回遠忌法要記念事業の一環として、新会館建立が計画されました。
以後、堺別院崇敬区域137ヶ寺の住職・門信徒挙げて懇念を収め、関係者各位の多大のご尽力のもと、平成16年(2004年)4月30日旧会館解体法要を勤め、同年6月17日起工式、同年10月14日上棟式を勤修し、平成17年(2005年)3月15日竣工いたしました。
会館内はバリアフリーで、寺務所・最大140名収容のお内仏（ホール）等を配し、各種会議・催し・法要等にご利用いただけます。
※詳細は別院までお問い合せください。

堺の地に「堺県」が設けられていたことを、皆さんはご存知でしょうか。和泉・河内地方はもとより、遠く現在の奈良県までの行政区域だったようです。
江戸時代が終わった（明治元年）から、明治14年に大阪府に合併されるまでの14年間、歴史上に存在した県でした。慶応4年6月22日、大阪府から和泉国をさいて、堺県が行政上独立しました。堺の町は、大小路が摂津と和泉の境であり、大小路よりも北は大阪府、南は堺県となったのです。
明治2年には、河内県と狭山藩が堺県に入りました。明治4年に廃藩置県が行われ、大和川を摂津と和泉の境ときめるとともに、次々と周辺の県を合併しました。明治9年には隣の奈良県をも合併し、堺県は和泉、河内、大和をあわせた大きな県になったわけです。
県庁ははじめは、堺奉行所、のちに明治4年から同14年までの10年間、本願寺堺別院（北の御坊）に移りました。
※参考：21世紀の堺を考える会資料